Trung tâm bến thuyền Tràng An nằm cách cố đô Hoa Lư 3 km về hướng Nam, cách thành phố Ninh Bình 7 km theo hướng tây dọc đại lộ Tràng An, cách thành phố Tam Điệp 16 km theo hướng bắc qua Tam Cốc, cách Hà Nội 96 km theo hướng nam. Vùng lõi di sản Tràng An - Tam Cốc có diện tích hơn 6.172 ha, là vùng bảo vệ đặc biệt của danh thắng. Vùng bảo vệ đặc biệt này nằm trọn trong khu rừng đặc dụng Hoa Lư, thuộc quy hoạch bảo tồn cố đô Hoa Lư và cũng thuộc quy hoạch quần thể di sản thế giới Tràng An với diện tích 12.252 ha.[5]

Trong quần thể danh thắng Tràng An, trung tâm cố đô Hoa Lư ở vị trí phía bắc, khu du lịch Tam Cốc - Bích Động ở vị trí phía nam còn khu du lịch sinh thái Tràng An thì ở vị trí trung tâm. 3 khu vực này được liên kết với nhau bằng khu rừng đặc dụng Hoa Lư trên núi đá vôi và hệ thống sông, hồ, đầm. Ngoài ra, khu du lịch này còn rất gần các địa điểm hút khách du lịch khác như Hang Múa, đầm Vân Long...